La Armada Nacional inició en el año 2006 el proceso de implementación del Sistema de Gestión de Calidad conforme a lo establecido en la Norma Técnica de Calidad NTCGP 1000, la cual da las directrices a las entidades del sector público, para la implementación del sistema de gestión de calidad establecidas por el gobierno nacional, es así que se ha se ha convertido en una herramienta estratégica para el logro de los objetivos institucionales propuestos.La Armada Nacional como valor agregado al proceso de implementación del Sistema de Gestión de Calidad se encuentra certificada por el Instituto Colombiano de Normas Técnicas (ICONTEC), bajo los lineamientos de la Norma Internacional ISO 9001:2000 y la NTCGP 1000, como producto de esta auditoría, el organismo certificador comprobó que los diferentes procesos que soportan la Institución, cumplen con los requerimientos establecidos en la Norma , propios de la institución y con los requisitos del cliente, además el ICONTEC se encuentra adscrito a IQNET, organismo acreditado por DAR-TGA, una de las más grandes entidades en el ámbito mundial, por lo que esta certificación es reconocida internacionalmente en más de 120 países.
La adopción de un modelo de gestión de calidad en la Armada Nacional obedece más allá de un complemento normativo, al deseo de avanzar en el desarrollo Institucional con esquemas propios de desempeño organizacional de vanguardia, de separar los resultados actuales bajo estándares de calidad que contemplan aspectos puntuales como la eficacia, eficiencia y efectividad sobre una base consolidada de legitimidad.
Como valor agregado al proceso de implementación del Sistema de Gestión de la Calidad en la Armada Nacional, el Instituto Colombiano de Normas Técnicas ICONTEC, certificó los procesos Institucionales bajo los lineamientos de la norma internacional ISO 9001:2000 y la NTCGP 1000:2004; Este documento, entonces, ha sido creado como un medio de comunicación estratégico con el fin de dar a conocer la gestión realizada por la institución para dar cumplimiento a los requisitos exigidos por el organismo certificador.